Banca de QUALIFICAÇÃO: DANNA MORAES ALVES

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : DANNA MORAES ALVES
DATA : 28/01/2019
HORA: 14:00
LOCAL: sala 103 - Campus Amazônia
TÍTULO:

DESENVOLVIMENTO DE MARCADORES MOLECULARES
ESPECÍFICO PARA Macrobrachium amazonicum (DECAPODA,
CARIDEA, PALEMONIDAE) UTILIZANDO DALP

PALAVRAS-CHAVES:

Macrobrachium amazonicum, pseudogenes, heteroplasmia, DALP

PÁGINAS: 23
RESUMO:

Dentre os camarões Macrobrachium, a espécie nativa da Amazônia, Macrobrachium amazonicum, popularmente conhecido como camarão da Amazônia, é considerada a mais abundante na região. A extensa distribuição de M. amazonicum contribuiu para a diversificação desta espécie em populações costeiras e populações continentais. A ocorrência em diferentes ambientes possibilitou uma enorme plasticidade biológica em termos de ecologia, morfologia, fisiologia, bioquímica, crescimento, reprodução, desenvolvimento e genética. Segundo dados disponíveis na literatura, M. amazonicum é dividido em três linhagens genéticas: população continental da Amazônia, população costeira da Amazônia e população continental do Pantanal. O marcador originado do gene da subunidade I do citocromo oxidase (COI) da mitocôndria, popularmente conhecido como DNA Barcoding, se destaca como um dos marcadores mais amplamente utilizado em estudos de variabilidade genética. Para crustáceos, a COI é o principal marcador empregado em investigações moleculares. No entanto, estudos apontam algumas limitações no uso deste marcador como: distorções nas sequências do DNA mitocondrial pela inclusão de cópias nucleares de DNA mitocondrial (pseudogenes ou NUMTS) e/ou heteroplasmia. A amplificação de genes mitocondriais a partir do DNA total pode levar à amplificação preferencial ou coamplificação de NUMTS, onde a não detecção podem conduzir a inferências errôneas, independente da abordagem. A fim de minimizar os possíveis problemas de amplificação de pseudogenes com primers universais, alguns autores discutem a importância da utilização de primers específicos. O presente trabalho propõe a utilização da técnica molecular de amplificação direta de fragmentos polimórficos (do inglês Direct Amplification of Length Polymorphisms – DALP) para elaborar primers otimizados para M. amazonicum. A metodologia a ser realizada partirá da escolha das amostras de DNA dos espécimes de M. amazonicum previamente selecionadas do banco de dados do Laboratório de Educação e Evolução – LEDEVO – UFOPA, totalizando uma amostragem de dez localidade. Para determinar a concentração dos DNA extraídos, todas as amostras serão quantificadas no espectrofotômetro L-QUANT e posteriormente diluídas afim de homogeneizá-las. A reação em cadeia da polimerase (PCR) será realizada utilizando primers do marcador DALP, a eletroforese possibilitará a detecção de bandas polimórficas para serem recortadas, recuperadas e reamplificadas com uma nova combinação de primers DALP. Após esta etapa, as amostras serão sequenciadas no sequenciador automático ABI 3500, e as sequências obtidas serão alinhadas no programa CodonCode Aligner v4.2.1 para visualização e edição, quando necessário. O desenho dos primers será feito também pelo programa CodonCode Aligner v4.2.1 e enviados para a empresa especializada em síntese desses produtos. Para validação dos primers específicos serão selecionadas amostras referentes as três linhagens de M. amazonicum, e a partir dos produtos com amplificação positiva, será realizado o sequenciamento dessas amostras. As sequências obtidas serão alinhadas para visualização e edição. Árvores filogenéticas serão construídas através dos métodos de Máxima Verossimilhança (ML) implementada no programa PhyML v3.0. A escolha do modelo de evolução molecular mais adequados será determinado através do programa KAKUSAN. A análise de ML a significância dos agrupamentos será estimada através da análise de bootstrap, a partir de 1000 pseudoréplicas do banco de dados. Diante do que este trabalho se propõe, espera-se que a utilização da técnica DALP possa gerar oligonucleotídeos específicos para a espécie de camarão da Amazônia. Que estes pretensos primers sejam sensíveis o suficiente para detectar relações filogenéticas com maior grau de confiabilidade, superando obstáculos moleculares como os pseudogenes.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1987988 - GABRIEL IKETANI COELHO
Interno - 1966924 - CARLOS IVAN AGUILAR VILDOSO
Externo ao Programa - 2162157 - LUCIANO JENSEN VAZ