O Campus Universitário de Monte Alegre (CMAL) iniciou suas atividades educacionais em 2010, em parceria com a Prefeitura Municipal, que disponibilizou espaço físico para o funcionamento da Universidade. No período de 2010 a 2016, o Campus ofertou turmas do Programa Nacional de Formação de Professores da Educação Básica (Parfor). Ao todo formaram-se 09 turmas, capacitando cerca de 257 professores.
Por meio da Portaria N° 1.003-SERES/MEC, de 22 de setembro de 2017, o primeiro curso regular do CMAL foi autorizado – Bacharelado em Engenharia de Aquicultura (EAQ), o qual até o presente é o único.
Em 13 de novembro de 2017 o Campus de Monte Alegre inaugurou oficialmente, recebendo sua primeira turma regular. Desde então, conta com ingresso anual de turmas de graduação em EAQ.
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